Como asiento de una de las haciendas que integraban el Marquesado del Valle de Tojo, era un paso obligado para el tránsito entre el Río de la Plata y las minas del Potosí. Su importancia creció gracias al tráfico comercial y de viajeros entre el Río de la Plata y el Alto Perú a partir del establecimiento en la localidad de una de las cabeceras principales del Marquesado del Valle de Tojo, cuyo centro económico estaba orientado hacia el actual departamento de Tarija y la zona de influencia de la región minera del Altiplano.

En 1680 fue consagrada la actual Iglesia de San Francisco, cuya construcción fue iniciada por los herederos de Pablo Bernardez de Ovando. Uno de ellos, Juan José Fernández Campero de Herrera, primer Marqués del Valle del Tojo, dotó al templo de los retablos y pinturas que actualmente pueden observarse, y que fueron especialmente traídas desde el Alto Perú “para esplendor del culto y la conversión de los indígenas entregados en encomienda”. Durante ese período se construyó la casa principal de la hacienda, conocida actualmente como “la Casa del Marqués” que perteneció a la Familia Fernández Campero.

Durante las Guerras por la Independencia fue escenario de numerosos combates. El cuarto Marqués del Valle del Tojo, Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero, se sumó a la causa libertaria en 1813 como Comandante de la Puna en la llamada Guerra gaucha del general Martín Miguel de Güemes, de quién fuera coronel mayor, hasta ser derrotado en la Invasión Grande en la Batalla de Yavi el 15 de noviembre de 1816. Tomado prisionero, el Coronel Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero falleció como prisionero de los realistas cuando era trasladado a España, siendo inhumado en Jamaica en noviembre de 1820.

Junto con el Coronel Juan José Feliciano Fernández Campero la población de Yavi también fue tomada prisionera y trasladada a Potosí, sin excepción de mujeres y niños, donde casi todos fueron ejecutados en venganza por haber seguido al Coronel Fernández Campero en su decisión de unirse a Güemes en su lucha contra los realistas. Según los registros históricos, los realistas tomaron prisioneros a treinta seis oficiales y otros trescientos cuarenta combatientes, inclusive al coronel Juan José Quesada. Entre los prisioneros, el combatiente Diego Cala “fue inmediatamente pasado por las armas” por ser de raza indígena.

Sin embargo lo peor de la represalia lo padeció la población de Yavi, según el testimonio del Teniente de la segunda compañía de los Escuadrones de los Valles de San Carlos, José Remigio Plaza, brindado ante la división del Teniente Coronel Gregorio Aráoz de Lamadrid, el 27 de mayo de 1817: “Cuando lo tenían en el hospital de Betlemos (Potosí) , a donde lo habían llevado para seguirle consejo de guerra y decidir su decapitación , según supo por uno de los soldados de la guardia encargada de su custodia, lo que motivó que tuviera que hacer el mayor esfuerzo para escapar…(supo) que el Día de Reyes degollaron en la Plaza de Potosí a cuarenta y tantos prisioneros de los de Yavi, y entre ellos a tres mujeres de los patriotas de aquel pueblo que tenían en el convento de Santo Domingo, cuyo incendio derribó las cuatro cuadras en contorno de dicho convento… supo por un muchacho del Marqués de Yavi, que a éste los habían puesto en capilla, pero ignora si lo pasaron por las armas.”

Ante estos hechos, el General Manuel Belgrano manifestó su indignación por la suerte de los prisioneros de Yavi según una carta fechada el 3 de abril de 1817 en Tucumán, y dirigida al general Martín Miguel de Güemes, en la cual también brindaba su opinión sobre las tentativas de Güemes para intercambiar varios prisioneros realistas por su primo, Juan José Fernández Campero:

“Estoy tan lejos de canje y tan indignado contra esa canallada que los acabaría a todos. Un oficial Plaza de los Escuadrones de San Carlos que ha huido de Potosí, el 6 o 7 del pasado, declara que degollaron el día de Reyes en aquella plaza a cuarenta de los prisioneros de Yavi, y cuatro mujeres patriotas; que él iba a Oruro con los demás cuando a dos jornadas encontraron al batallón de Fernandinos que traía más de mil prisioneros patriotas de La Paz presos, con quienes los hicieron regresar y que a Potosí llegarían poco más de doscientos, porque los fusilaban en el camino. Esto, con la orden de Ramírez para que no llegaran a Santiago ningún oficial vivo y haber muerto a cuatro en cuatro pascanas que hicieron, me confirma en mi opinión de que son unos inicuos y me conservaré en ella aunque les viese hacer milagros. Aseguro a Ud. que calificados aquellos hechos, al primero que ahorco si lo pillo es al general (La Serna).”

Hacia 1874, la finca de Yavi, que había continuado bajo el dominio de Fernando María Campero Barragán, hijo del Coronel Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero, fue el teatro de una rebelión de indígenas levantados contra el gobierno jujeño, quienes demandaban la entrega de parcelas, luego de que las propiedades fueran declaradas fiscales. Aunque el fallo de la Corte Suprema de Justicia de la Nación en 1877, hizo lugar a las pretensiones de la Provincia de Jujuy, Yavi y sus alrededores permanecieron en poder de la familia Figueroa Campero hasta su completa división y venta en la década de 1920.

En el año 2010 se produce la repatriación de los restos de Juan José Feliciano Fernández Campero. El viernes 9 de abril de 2010, al mediodía, se realizó una ceremonia en el atrio e interior de la Iglesia Catedral Basílica de San Salvador de Jujuy. Participaron de la formación efectivos del Ejército con banda de música, de fuerzas de seguridad provinciales, nacionales y una guardia de efectivos con uniforme histórico. Luego de la invocación religiosa realizada por Monseñor Palentini se dio lectura del Acta de Constatación de la ceremonia de exhumación y repatriación simbólica del coronel mayor Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero. El Jefe de la Guarnición de Ejército Jujuy, Teniente Coronel Carlos Quinteros, en sus palabras de despedida, efectuó un recorrido histórico de la vida del prócer resaltando los hechos más trascendentes que lo ponen en la historia nacional y provincial.

Por su parte, los patriotas yaveños sacrificados por la causa independentista recibieron su justo reconocimiento por la Provincia de Jujuy, mediante la Ley Provincial N° 5730, que instituyó el día 15 de noviembre como “Día de los Mártires de Yavi” en homenaje a los pobladores que pagaron con su vida, su entrega a la causa independentista al formar parte de los batallones organizados por el Coronel Juan José Feliciano Fernández Campero.