La iglesia de Yavi actuó como capilla palatina respecto de la Casa de los Marqueses. La torre está unida al templo y su pesada figura es la edificación más alta del pueblo. El interior de la iglesia se sostiene en dos gruesos muros de adobe que sostiene el artesonado construido con madera de cardón, atado con tientos de cuero. Sus dimensiones son 7,50 metros de alto, por 5,50 de ancho y su longitud es de 22 metros; al ingreso se pasa por debajo del coro alto y largo. A la derecha de la nave se encuentra un exquisito púlpito tallado con madera dorada, y que da paso al arco que comunica con la Capilla de las Ánimas, mientras el presbiterio está presentado por un gran arco triunfal formado por tres grandes vigas ornamentadas.

La decoración es excepcional para el edificio y el lugar geográfico en la que se sitúa:
La iglesia tiene tres retablos tallados cubiertos de pan de oro, ubicándose dos en las naves del templo y uno en la Capilla de las Ánimas. Los retablos de estilo barroco peruano poseen tallas de santos en madera de un gran valor artístico, además de pinturas de origen flamenco dispuestas en forma de medallones. Las naves también poseen pinturas al caballete del maestro pintor Mateo Pizarro, datadas en el siglo XVIII.

El sagrario es una pieza de arte en sí misma, ya que su interior está decorado con espejos venecianos y proyectándose la luz a través de una fina lámina de alabastro al momento de abrirse las pequeñas puertas del mismo. La fecha de su terminación es el año 1707, mientras la conclusión del templo es de 1690, según la inscripción que obra en uno de los dinteles de las puertas de acceso. La Capilla de las Ánimas fue construida en sufragio de los Marqueses de Tojo y de su familia; posee en su retablo una talla de Cristo Crucificado, acompañado por imágenes de la Virgen María y de San Juan, que constituyen un pequeño templo por derecho propio.

A los pies del altar mayor se encuentra un túnel, que los eruditos identifican como parte de un sistema de comunicación con la Casa de los Marqueses, aunque se supone que se trataría de una cripta para depósito de los ataúdes de los Marqueses y sus descendientes, quienes tenían el derecho eclesiástico de descansar a los pies del altar, en su carácter de fundadores y benefactores del templo. Sin embargo, hoy no existen rastros de los restos de los Marqueses del Valle de Tojo, suponiéndose que se encuentran sepultados en algún lugar oculto del templo, lo que se llevó a cabo durante las guerras por la independencia para evitar profanaciones.

La imagen central del altar mayor es la de la Virgen del Rosario cuya advocación, según la historia oral, surgió en agradecimiento de los pobladores sobrevivientes de la Sorpresa de Yavi y que regresaron luego de su largo cautiverio en manos de los realistas en Potosí y en el Perú luego de la derrota de 1816.